Das Zentrum für Jüdische Studien ist für die Aufrechterhaltung des Studienfachs „Jüdische Studien“ an der Philosophisch-Historischen Fakultät sowie des Schwerpunkts Judentum innerhalb der Theologischen Fakultät, jeweils auf Bachelor-, Master- und Doktoratsstufe  verantwortlich. Es verfügt über eine strukturelle Professur sowie eine Anzahl drittmittelfinanzierter Stellen und Lehraufträge. Dazu zählt die seit der Gründung des Zentrums für Jüdische Studien 1998 bestehende Dr. h.c. Emile Dreyfus Lehr- und Forschungsstelle für Jüdische Geschichte. 

Die strukturelle Professur, der die Leitung des Zentrums für Jüdische Studien untersteht, ist bifakultär, in der Philosophisch-Historischen wie in der Theologischen Fakultät, verankert, die anderen Mitarbeitenden sind jeweils gemäß ihrer thematischen Schwerpunkte in ihrer administrativen Funktion einer der beiden Fakultäten zugeordnet.

Die kulturwissenschaftlich ausgerichteten Themenschwerpunkte umfassen die Religions- und Literaturgeschichte des Judentums sowie die Jüdische Geschichte der Moderne. Hinzu kommt der Spracherwerb im Neuhebräischen (Iwrit) sowie im Jiddischen. Zu Beginn jeden Herbstsemesters wird eine Einführungsveranstaltung zu den Jüdischen Studien angeboten, welche einen Überblick über das Fach gibt.

Mit einer Anzahl weiterer Universitäten aus dem deutschsprachigen Raum führt das Zentrum für Jüdische Studien jährlich die einwöchige Europäische Sommeruniversität für Jüdische Studien in Hohenems (Österreich) durch. Darüber hinaus besteht eine institutionalisierte Zusammenarbeit mit den Universitäten Zürich (im Rahmen der Sigi Feigel Gastprofessur für Jüdische Studien), sowie mit Wien und Potsdam im Bereich von Doktoratskolloquien. Kooperationen auf anderen, informelleren Ebenen bestehen mit Universitäten u.a. in Israel, Grossbritannien, den Niederlanden und Belgien.

Das Zentrum für Jüdische Studien, das von der Stiftung für Jüdische Studien an der Universität Basel 1998 gegründet worden ist, zählt heute zu den zentralen Anlaufstellen in der Schweiz für Fragen und Beiträge zu Themen jüdischer Kultur und Geschichte, weit über den universitären Bereich hinaus.