Das Zentrum für Jüdische Studien ist 1998 von der Stiftung für Jüdische Studien gemeinsam mit der Universität Basel gegründet worden. Es ist für die Aufrechterhaltung des Studienfachs „Jüdische Studien“ an der Philosophisch-Historischen Fakultät sowie des Schwerpunkts Judentum innerhalb der Theologischen Fakultät, jeweils auf Bachelor-, Master- und Doktoratsstufe, verantwortlich. Die administrative Zuständigkeit für das Zentrum für Jüdische Studien liegt bei der Theologischen Fakultät.

Die Professur für Religionsgeschichte und Literatur des Judentums, der die Leitung des Zentrums für Jüdische Studien untersteht, ist bifakultär, in der Philosophisch-Historischen wie in der Theologischen Fakultät, verankert. Was die fakultäre Gremienarbeit betrifft, sind Mitarbeitende und Studierende des Zentrums jeweils in einer dieser beiden Fakultäten engagiert.

Schwerpunkte der Jüdischen Studien in Basel sind neben der Religions- und Literaturgeschichte die Jüdische Geschichte der Moderne, welche durch die seit Gründung des Zentrums bestehende Dr. h.c. Emile Dreyfus Lehr- und Forschungsstelle für Jüdische Geschichte abgedeckt wird, sowie der Spracherwerb im Neuhebräischen (Iwrit) und im Jiddischen. Zu Beginn jeden Herbstsemesters wird eine einsemestrige Einführungsveranstaltung zu den Jüdischen Studien abgehalten, in welcher die Mitarbeitenden und Lehrbeauftragten einen Überblick über das Fach geben.

Mit einer Anzahl weiterer Universitäten aus dem deutschsprachigen Raum führt das Zentrum für Jüdische Studien jährlich die einwöchige Europäische Sommeruniversität für Jüdische Studien in Hohenems (Österreich) durch. Eine Zusammenarbeit besteht ferner mit den Universitäten Wien und Potsdam im Bereich von Doktoratskolloquien. Kooperationen auf anderen, informelleren Ebenen bestehen mit Universitäten u.a. in Israel, Grossbritannien, den Niederlanden und Belgien.